Lịch sử chùa Từ Hiếu gắn liền với những câu chuyện cảm động về lòng hiếu thảo và tình yêu thương giữa cha mẹ và con cái. Vào năm 1843, hòa thượng Nhất Định, sau khi từ bỏ chức vụ cao trong triều đình, đã trở về Huế để chăm sóc mẹ già đau yếu. Ông dựng lên một Thảo Am đơn sơ trong rừng thông, với mục đích vừa tu hành, vừa tận tụy chăm sóc mẹ. Một trong những câu chuyện nổi bật về lòng hiếu thảo của hòa thượng Nhất Định là khi mẹ ông mắc bệnh nặng, ông không ngần ngại đi hàng ngày qua những con đường đèo dốc hiểm trở để mua thịt cá về nấu cho mẹ ăn, dù bản thân là một nhà tu hành ăn chay.

Câu chuyện này nhanh chóng lan truyền và đến tai vua Tự Đức. Nhà vua, vốn là người con hiếu thảo, cảm thấy xúc động trước sự hy sinh của hòa thượng Nhất Định. Sau khi biết rõ ngọn ngành, vua Tự Đức đã ban sắc chỉ mở rộng Thảo Am thành chùa và đặt tên là Từ Hiếu, với ý nghĩa "Từ" là đức lớn của Phật, "Hiếu" là phẩm hạnh đầu tiên của Phật. Từ đó, chùa Từ Hiếu trở thành một biểu tượng của lòng hiếu thảo và đức từ bi trong văn hóa Phật giáo Việt Nam.

Chùa Từ Hiếu không chỉ dừng lại là nơi tu hành của hòa thượng Nhất Định mà còn trở thành nơi an nghỉ cuối cùng của các thái giám triều Nguyễn. Các thái giám, sau khi về già và không có con cái chăm sóc, đã tìm đến chùa để tìm sự an bình trong những năm cuối đời. Khu vực nghĩa trang của các thái giám được xây dựng phía sau khuôn viên chùa, nơi họ được an nghỉ trong không gian tĩnh lặng, bình yên của thiền môn.

Trải qua nhiều biến động lịch sử, chùa Từ Hiếu đã nhiều lần được tu sửa và mở rộng. Các vị sư trụ trì sau này, tiếp nối tinh thần của hòa thượng Nhất Định, đã gìn giữ và phát triển ngôi chùa trở thành một điểm đến tâm linh quan trọng của Huế. Ngày nay, chùa Từ Hiếu không chỉ là nơi tu hành của các nhà sư mà còn là nơi mà du khách tìm đến để thả mình vào sự thanh tịnh của thiên nhiên và tâm linh.